工作任务不同
中统的工作重心是监控***机关内部情况；打击一切***之外的党派；控制社会舆论和思想。
军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗***。
所属机构不同
中统是党中央的情报机构。
军统是直接属于***军队序列。
管辖领域不同
军统主要管辖军队、警宪以及各地的交通部门。
中统主要管辖的就是***的党务问题以及全国各地的行政机关以及学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。
补充
中国***中央执行委员会调查统计局，简称中统。中统以各级***党部为基地，在各省市***党务内，均设有调查统计室，在大学院校、重点中学、文化团体内，也都建立了所谓的党员调查网，从事各种特务活动。中统的主要任务是调查和掌握，包括***在内的***敌对势力，从而稳固***的统治。
在抗战之前，中统的势力非常大。中统的实际控制人陈果夫，陈立夫兄弟，本身在***内具有强大的势力。当时有“蒋家天下陈家党”之说，可见陈氏兄弟在***内的地位。因此，***的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。
但是抗战期间，由于大片国土沦陷，沦陷区内的***基层机关基本上都被破坏，中统势力大为缩水。再加上陈氏兄弟并不如戴笠一般对***唯命是从，中统所获资源也渐渐不如军统，因此，军统势力在成立后期逐渐大于中统。
军统全称为***军事委员会调查统计局。九一八事变后，***为了进一步加强集权，黄埔生贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽等人组织了一个以军人为主体的复兴社（又称蓝衣社）。1932年，在复兴社内，又设了力行社，并设有一个专门进行谍报活动的特务处，戴笠任处长，这就是军统的前身。
军统和中统从来没有和睦相处过，两大特务组织互相仇视，甚至出现过***害对方特工人员的行为。可见，两大特务组织的争斗已进入白热化。当然，1949随着***败退台湾，两大特务组织纷纷改组，***接手***情报机构，中统和军统（保密局）也彻底烟消云散。