1、创办时间不同
金陵汇文中学：于2008年秋季开始招生，是金陵中学高中部的生源基地。
金陵中学：金陵中学（JinlingHighSchool）创建于1888年（清光绪十四年），当时为汇文书院，是美国基督教美以美会在华创建的教会学校，1910年（清宣统二年）与宏育书院合并为金陵大学，改中学堂为附属中学，简称金大附中、金陵中学。
2、师资力量不同
金陵汇文中学：学校的教师队伍以金陵中学和***路小学选派的优秀骨干教师为主，并根据需要面向社会公开招聘部分优秀骨干教师加盟。教学注重向教改要质量，向科研要效益，重视学生学习力的开发，通过研究性学习、自主性学习的开展和评价，努力促进学生潜能的发展。
金陵中学：据学校官网2015年5月显示，学校有特级教师14人、教授级高级教师8人、高级教师109人，省“333工程”培养对象7人，享受国务院特殊津贴1人，南京市中青年拔尖人才2人，南京市有突出贡献中青年专家2人，江苏省有突出贡献的中青年专家1人。
另外还有南京市学科带头人25人，南京市优秀青年教师32人。同时外聘在宁教授、博导、院士担任***教师。著名物理学家杨振宁博土和冯达旋博士曾被聘为金陵中学校长顾问。
3、地址不同
金陵汇文中学：江苏省南京市鼓楼区清江路19号
金陵中学：南京市鼓楼区中山路169号